Дифференциальный диагноз

Пациент: Розанов Игорь Валентинович
Пол: Мужской
Дата рождения: 02.09.2002
Вид материала: Кровь (венозная)
Дата забора: 23.01.2016
Диагноз: Дифференциальный диагноз между синдромом Блоха-Сульцбергера и GEFS+.
Данные секвенирования могут быть предоставлены по запросу лечащего врача.
1. Патогенные мутации, являющиеся вероятной причиной заболевания
Положение (hg19) Генотип Ген Положение в
кДНК
Замена АК Экзон Транскрипт Частота
аллеля*
Глубина
прочтения
Не выявлено
2. Вероятно патогенные мутации, являющиеся возможной причиной заболевания
Положение (hg19) Генотип Ген Положение в
кДНК
Замена АК Экзон Транскрипт Частота
аллеля*
Глубина
прочтения
Не выявлено
3. Мутации с неизвестным клиническим значением, имеющие возможное отношение к
фенотипу. Для уточнения статуса патогенности таких мутаций и их отношения к заболеванию
у пациента могут потребоваться дополнительные исследования.
Положение (hg19) Генотип Ген Положение в
кДНК
Замена АК Экзон Транскрипт Частота
аллеля*
Глубина
прочтения
chr10: 95552949CT C/T LGI1 c.680CT p. Ala227Val 7 NM_005097.2 0.0008281% 25x
*Частоты аллелей приведены по базе Exome Aggregation Consortium (выборка до 60702 человек). н/д = нет данных (не описан)
ИНТЕРПРЕТАЦИЯ
У Розанова Игоря Валентиновича был проведен поиск патогенных мутаций, ассоциированных с
наследственными формами эпилепсии, эпилептической энцефалопатией, а также с другими
наследственными заболеваниями со сходными фенотипическими проявлениями.
Выявлена ранее не описанная гетерозиготная мутация в 7 экзоне гена LGI1 (chr10: 95552949CT,
rs750984349), приводящая к замене аминокислоты в 227 позиции белка (p. Ala227Val,
NM_005097.2). Гетерозиготные мутации типа миссенс в гене LGI1 описаны у пациентов с
семейной височной эпилепсией, тип 1 (OMIM: 600512). Частота мутации в контрольной выборке
ExAC составляет 0.0008% (1 мутантный аллель на 120754 хромосомы; гомозиготы не
зарегистрированы). Наличие мутации в контрольной выборке ExAC может свидетельствовать в
пользу неполной пенетрантности мутантного аллеля, либо поздней манифестации заболевания,
либо в пользу непатогенности мутации. Алгоритмы предсказания патогенности расценивают
данную мутацию как вероятно патогенную (MutationTaster: 1.000, LRT: D), как вариант с
неопределенной клинической значимостью (PROVEAN: -0.640) либо как полиморфизм (SIFT: 1.000, Стр. 2 из 5
Polyphen2_HDIV: 0.001, Polyphen2_HVAR: 0.006). По совокупности сведений, мутацию следует
расценивать как вариант с неопределенной клинической значимостью, который, тем не менее,
может иметь отношение к фенотипу пациента в случае получения дополнительных
подтверждающих данных.
Результат требует тщательного сопоставления с клиническими признаками и анализа
происхождения мутации (для установления статуса de novo либо подтверждения косегрегации с
заболеванием).
Других значимых изменений, соответствующих критериям поиска, не обнаружено.
Рекомендуется консультация врача-генетика. Результаты данного исследования могут быть
правильно интерпретированы только врачом-генетиком. Стр. 3 из 5
ОПИСАНИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Анализ ДНК пациента проведен на секвенаторе нового поколения Illumina NextSeq 500 методом
парно-концевого чтения (2x151 п. о.) со средним покрытием не менее 70-100х. Для
пробоподготовки была использована методика селективного захвата участков ДНК, относящихся к
кодирующим областям генов с известным клиническим значением, в том числе AARS, ABCC8,
ABCD1, ACADM, ACADS, ACTB, ACTG1, ACY1, ADAR, ADCK3, ADNP, ADSL, AFG3L2, AGA, AHI1, AIMP1,
AKT3, ALDH4A1, ALDH5A1, ALDH7A1, ALG1, ALG11, ALG12, ALG13, ALG2, ALG3, ALG6, ALG8, ALG9,
AMACR, AMT, ANK3, AP1S2, APOC3, APTX, ARFGEF2, ARG1, ARHGEF9, ARL13B, ARSA, ARSB, ARX,
ASAH1, ASL, ASNS, ASPA, ASPM, ASS1, ATIC, ATN1, ATP1A2, ATP1A3, ATP2A2, ATP6AP2, ATP7A, ATR,
ATRX, B4GALT1, BCKDHA, BCKDHB, BCS1L, BRAF, BRAT1, BTD, BUB1B, C12orf57, C5orf42, CACNA1A,
CACNA1H, CACNB4, CASC5, CASK, CASR, CC2D2A, CCDC88C, CDK5RAP2, CDKL5, CDON, CENPJ, CEP135,
CEP152, CEP290, CEP41, CEP63, CHD2, CHRNA2, CHRNA4, CHRNB2, CLCN2, CLIC2, CLN3, CLN5, CLN6,
CLN8, CNNM2, CNTNAP2, COA5, COG1, COG4, COG5, COG6, COG7, COG8, COL18A1, COL4A1, COL4A2,
COQ2, COQ4, COQ6, COQ9, COX10, COX14, COX15, COX6B1, CPA6, CPS1, CPT1A, CPT2, CREBBP, CSTB,
CTSA, CTSD, CUL4B, DBT, DCX, DDOST, DGUOK, DHCR24, DHCR7, DLD, DLG3, DNAJC5, DNM1, DOCK8,
DOLK, DPAGT1, DPM1, DPM3, DPYD, DYNC1H1, DYRK1A, EARS2, EFHC1, EIF2B1, EIF2B2, EIF2B3, EIF2B4,
EIF2B5, EMX2, EPM2A, ETFA, ETFB, ETFDH, ETHE1, EXOSC3, EZH2, FA2H, FAM126A, FASTKD2, FGD1,
FGFR3, FH, FIG4, FKRP, FKTN, FLNA, FOLR1, FOXG1, FOXRED1, FUCA1, GABRA1, GABRB3, GABRD,
GABRG2, GALC, GALNS, GAMT, GATM, GCDH, GCH1, GCK, GCSH, GFAP, GFM1, GJC2, GLB1, GLDC, GLI2,
GLI3, GLRA1, GLRB, GNE, GNPTAB, GNPTG, GNS, GOSR2, GPC3, GPHN, GRIA3, GRIN1, GRIN2A, GRIN2B,
GRN, GUSB, HADH, HCN1, HDAC8, HEPACAM, HERC2, HEXA, HEXB, HGSNAT, HPD, HSD17B10, HSPD1,
HYAL1, IDS, IDUA, IER3IP1, IFIH1, IL1RAPL1, INS, IQSEC2, ISPD, IVD, KCNA1, KCNJ1, KCNJ10, KCNJ11,
KCNK18, KCNMA1, KCNQ2, KCNQ3, KCTD7, KDM5C, KDM6A, KIAA2022, KIF7, KIRREL3, KMT2D, KRIT1,
L2HGDH, LAMA2, LAMB1, LAMC3, LARGE, LGI1, LIAS, MAN1B1, MAP2K1, MAP2K2, MBD5, MCOLN1,
MCPH1, MECP2, MED12, MED17, MEF2C, MFSD2A, MFSD8, MGAT2, MLC1, MMAA, MMACHC, MOCS1,
MOCS2, MOGS, MPDU1, MPI, MTHFR, MUT, NAGLU, NAGS, NDE1, NDST1, NDUFA1, NDUFA10,
NDUFA11, NDUFA12, NDUFA2, NDUFA9, NDUFAF1, NDUFAF2, NDUFAF3, NDUFAF4, NDUFAF5, NDUFB3,
NDUFB9, NDUFS1, NDUFS2, NDUFS3, NDUFS4, NDUFS6, NDUFS7, NDUFS8, NDUFV1, NDUFV2, NEU1,
NF1, NFIX, NHLRC1, NIPBL, NOTCH3, NPC1, NPC2, NPHP1, NRAS, NRXN1, NSD1, NSUN2, NUBPL, OCLN,
OCRL, OFD1, OPHN1, OTC, PAFAH1B1, PAH, PAK3, PANK2, PC, PCBD1, PCCA, PCCB, PCDH19, PCNT,
PDHA1, PDHX, PDP1, PDSS1, PDSS2, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2,
PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PGK1, PGM1, PHF6, PIGA, PIGN, PIGO, PIGV, PIK3CA, PIK3R2, PLA2G6,
PLCB1, PLP1, PMM2, PNKP, PNPO, POLG, POLR3A, POLR3B, POMGNT1, POMT1, POMT2, PPT1, PQBP1,
PRICKLE1, PRODH, PRPS1, PRRT2, PSAP, PTCH1, PTEN, PTS, QDPR, RAB18, RAB39B, RAB3GAP1,
RAB3GAP2, RAD21, RAI1, RARS2, RBBP8, RELN, RFT1, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RNASET2,
ROGDI, RPGRIP1L, RPS6KA3, RRM2B, SAMHD1, SCARB2, SCN1A, SCN1B, SCN2A, SCN8A, SCN9A, SDHA,
SDHAF1, SEPSECS, SERPINI1, SETBP1, SGCE, SGSH, SHH, SIX3, SLC17A5, SLC19A3, SLC1A3, SLC25A15,
SLC25A19, SLC25A20, SLC25A22, SLC2A1, SLC33A1, SLC35A1, SLC35C1, SLC46A1, SLC6A5, SLC6A8,
SLC9A6, SMARCA2, SMARCB1, SMC1A, SMC3, SMPD1, SMS, SNAP29, SOX10, SPTAN1, SRD5A3, SRPX2,
ST3GAL3, ST3GAL5, STIL, STXBP1, SUCLA2, SUMF1, SUOX, SURF1, SYN1, SYNGAP1, SYP, TACO1,
TBC1D24, TBCE, TBP, TBX1, TCF4, TCTN1, TCTN2, TGIF1, TMEM138, TMEM165, TMEM216, TMEM237,
TMEM67, TMEM70, TPP1, TRAPPC9, TREX1, TSC1, TSC2, TSEN2, TSEN34, TSEN54, TSFM, TTC21B,
TUBA1A, TUBA8, TUBB2B, TUBB3, TUSC3, UBE2A, UBE3A, VLDLR, VPS13A, VPS13B, VRK1, WDR45,
WDR62, WFS1, WWOX, ZEB2, ZIC2, ZNF335.
Обработка данных секвенирования проведена с использованием автоматизированного
алгоритма, включающего выравнивание прочтений на референсную последовательность генома
человека (hg19), постпроцессинг выравнивания, выявление вариантов и фильтрацию вариантов
по качеству, а также аннотацию выявленных вариантов по всем известным транскриптам каждого
гена из базы RefSeq с применением ряда методов предсказания патогенности замен (SIFT, Стр. 4 из 5
PolyPhen2-HDIV, PolyPhen2-HVAR, MutationTaster, LRT), а также методов расчета эволюционной
консервативности позиций (PhyloP, PhastCons). Для оценки популяционных частот выявленных
вариантов использованы выборки проектов «1000 геномов», ESP6500 и Exome Aggregation
Consortium. Для оценки клинической релевантности выявленных вариантов использованы база
данных OMIM, специализированные базы данных по отдельным заболеваниям (при наличии) и
литературные данные. В заключение включены только варианты, имеющие возможное
отношение к клиническим проявлениям у пациента. Полиморфизмы, классифицированные по
различным критериям как нейтральные, не включены в заключение.
Ограничения методики: метод не позволяет выявлять инсерции и делеции длиной более 10 п. о.,
мутации в интронных областях (за исключением канонических сайтов сплайсинга), вариации
длины повторов (в том числе экспансии триплетов), а также мутации в генах, у которых в геноме
существует близкий по последовательности паралог (псевдоген). Метод не предназначен для
определения фазы пар гетерозиготных мутаций, а также для оценки уровня метилирования,
выявления хромосомных перестроек, полиплоидии, выявления мутаций в состоянии мозаицизма.