Как принимать антибиотики

Здравствуйте, я обратилась к врачу-гинекологу потому как меня беспокоили сильные боли во время месячных. Она по результатам мазка назначила мне в 1й день месячных циклоферон (2,0мм), аугментин(125х28 день) и флуконазол. После месячных свечи гексикон. Это было за 10 до начала месячных. Через несколько дней у меня обострился рефлюкс гастрит и после посещения гастроэнтеролога я стала принимать ганатон, омепразол и урсосан.
С приходом месячных гинекологическое лечение я не начала, так как сильно беспокоили боли в желудке и я боялась осложнить положение приемом антибиотиков. Сейчас у меня 5й день менструации.
Можно ли начать лечение сейчас или теперь нужно ждать нового цикла? Врач назначила мне аугментин через 12 часов после еды, но в инструкции написано, что принимать его надо непосредственно перед приемом пищи. Как лучше поступить при имеющихся проблемах с ЖКТ?